Manastir je u XI veku podigao vizantijski car Roman IV Diogen u zahvalnosti Prohoru Pčinjskom pravoslavnom putinjaku i svecu. Prohor Pčinjski rođen je kao dete imućnih i pobožnih roditelja Joakima i Ane, u okolini Ovče polja, oblasti u današnjem centralnom delu Makedonije. Nakon smrti roditelja odriče se nasledstva i posvećuje život veri. Tokom svog monaškog života u Nagoričanskim planinama sreo je vizantijskog vojskovođu Romana Diogena i prorekao mu da će postati car. Kada se to desilo Diogen je na mestu gde je sreo Prohora Pčinjskog podigao manastir, a njegove mošti u zlatnom kovčegu položio u grobnicu u oltarskom delu hrama.

Manastir se nalazio nateritoriji zahvaćenoj ratom između Srbije i Vizantije pa je često dolazilo do reorganizacije crkvene uprave. Velika obnova preduzeta je u vreme kralja Milutina u XIV veku. Krajem istog veka dolazi pod vlast Osmanlija. Hram je zaslugom ktitora Marina iz Kratova obnovljen i oslikan freskama 1489. godine. Kapela sa južne strana oslikana je u XVI veku. U periodu od 1854. do 1862. godine sagrađeni su tzv. „vranjski“ konaci zahvaljujući vranjskom trgovcu Hadži-Mihailu Pogarčeviću. Manastir je često pljačkan a preživeo je i jedan zemljotres. Današnja višekupolna crkva  sagrađena je 1898. godine i najvećim delom obuhvatila je starija zdanja. U okviru srpske države našao se ponovo nakon 1912. godine. Izgradnju konaka severno od crkve finansirao je kralj Petar Karađorđević. Godine 1986. počela je velika obnova manastira i konaka.

Vladimir Lukić

dipl. istoričar